黒住教の本部は岡山市北区尾上の神道山にあります。岡山市街地からはるか瀬戸内海を見渡すことができる神道山は、春は桜、秋は紅葉が辺り一面に広がり、季節折々で彩りを変える自然に恵まれた名所としても有名です。自然に囲まれながら瀬戸内海の海原をのぞむ眺望は、神道山の見所となっています。頂上には日拝を行うための「日拝所」が設けられており、毎朝この場所で教主を先達に、日の出を迎え拝む「日拝式」が日々欠かさず執り行われています。この神道山を中心とする境内地約30万平方メートル（10万坪）の丘陵地には、本部神殿である「大教殿」、教祖神・宗忠をはじめとする代々の教主の墓や、道づれ（信者）の分骨墓である「お道づれ生族の墓」のある「奥津城（おくつき）」が建てられており、黒住教の主要な祈りの場となっています。黒住教の主な祭りは、春の「教祖大祭」、夏の「大祓大祭」、秋の「ご遷座記念祝祭」、冬の「冬至大祭」と季節ごとに祝祭が催され、毎年多くの人で賑わっています。

毎日の神前への供え物である「神水（しんすい）」は、大教殿の地下深くにある神井（しんい）から毎朝汲み上げられる真清水（ましみず）で、毎朝の日拝式にそなえて祈りがこめられ、道づれからも「御神水」として尊ばれています。水質は常にpH７を保っており、多彩なミネラルをふくむ美味な飲用水として専門家の評価も高い湧き水です。 また、毎年春と秋に開講し、100日間の修行を通して黒住教の布教師を養成する「黒住教学院」があり、他にも1ヶ月間や2泊3日間のコース、通信講座など、黒住教の教えを多くの方に学んでいただけるよう、一人ひとりの生活にあわせた多種多様なカリキュラムを設けています。

他には、教団の月刊機関誌「日新」の編集および書籍発行・販売を担当する「日新社」をはじめ、黒住教教典の原典である教祖神が書き残した短歌や手紙、様々な陶芸作品、絵画などを陳列し、会議場ホールも併せ持つ「宝物館・まることセンター」、受付と売店のある「神結館（しんゆうかん）」、宿泊設備のある「鶯鳴館（おうめいかん）」や食堂「しんとうざん茶店」があります。周辺には自動車500台を駐車できる広場がありますので、お気軽にお車でもお越しください。

本部神殿「大教殿」について

昭和49年（1974年）の大教殿神道山遷座に際し、「農家を基本とした建築を･･･」と建築設計家・浦辺鎮太郎氏に依頼しました。教場は300畳のたたみ敷きで、祭壇には「天照大御神」、「八百萬神」、「教祖宗忠神」を祀っています。大教殿御本殿は伊勢神宮内から下賜された内宮の古材を使用しており、大教殿の足元は、愛媛県の石鎚山連峰から運ばれた安山岩が基壇石として使われています。大屋根は宮城県産出の玄昌石でおおわれ、その上には備前焼作家で岡山県無形文化財保持者であった故藤原建氏制作献納の備前焼で千木鰹木棟瓦が設えられています。

教祖神・宗忠生誕の地であり立教の地である大元は岡山市北区上中野にあります。立教以来160年間、黒住教の教団本部でしたが、昭和49年（1974年）により壮大な日の出を求めて現在の神道山に遷座しました。 今日では、明治18年（1885年）に教祖生誕の場所に鎮座した宗忠神社を中心に、岡山市民の氏神様的な神域として多くの人々の信仰を集めています。神域内には、教祖の最晩年に建てられ神殿兼住宅であった「教祖記念館」、神道山に遷座するまで大教殿であった「黒住教武道館（生々館道場）」などがあります。

宗忠神社の主な祭りは神道山とほぼ同様ですが、毎年４月に黒住教最大行事の「宗忠神社御神幸」が斎行されます。これは宗忠神社鎮座の翌年である明治19年（1886年）に始まり、戦前や戦時中は途絶えていたものの、戦後の昭和27年（1952年）に復活し、それ以来開催され続けている祭りです。この祭りは、教祖の御神体を奉斎した“御鳳輦（ごほうれん）”を中心に、古式衣装を身につけた1,000人の奉仕者が、大元から祭典の行われる日本三名園の一つ「後楽園」までの間を、岡山市中を往復して世界の大和を祈る祭りであり、「岡山さくらカーニバル」の中心的な祭りでもあります。また正月の三が日をはじめ「どんど祭」、２月の「節分祭」、夏の「大祓い夏まつり」「七夕まつり」は、一般市民で境内が埋めつくされます。

教祖記念館について

教祖記念館は、嘉永元年（1848年）に建築された建物です。教祖は記念館建築に際して、信者の代表者に「できるだけ質素に」と特に要望しています。本教第一号の「大教殿」ともいえるこの建物では、教祖神在世中、２の日（2日・12日・22日）と７の日（7日・17日・27日）の月６回、「御会日（ごかいじつ）」という名のもとに教祖神直々の祈りと説教が行われました。この場では、武士といえども刀を付けては神前に進むことはできず、身分の差別なくまさに人間平等の精神が貫かれていました。なお、この教祖記念館内の御居間こそ、嘉永３年（1850年）２月25日に教祖神が昇天した場所であります。

江戸時代最末期の文久2年（1862年）、京都市左京区の吉田山の南端に宗忠神社が鎮座しました。宗忠神社は、時の帝・孝明天皇から「宗忠大明神」の神号を賜り、吉田神社からその東南の高台を提供されて建立された神社です。その後宗忠神社は、孝明天皇の仰せ出された唯一の勅願所（天皇陛下が国家国民の平安を祈る神社・仏閣）に定められました。元治元年（1864年）の「蛤御門（はまぐりごもん）の変」のときのご神慮（しんりょ）は、この神社の歴史を物語っています。春秋の例大祭には教主が正式参拝している、黒住教の三大霊地の一つです。